Natuur- en milieuwetten
Rijkswaterstaat kan bij de aanleg van (nieuwe) werken en bij het uitvoeren van beheer en onderhoud te maken krijgen met natuurregelgeving.
Bij zowel activiteiten op land als activiteiten op het water kan sprake zijn van mogelijke negatieve effecten op beschermde natuurwaarden.
Natuurbeschermingsrecht
De bescherming van natuurgebieden, individuele planten en dieren en houtopstanden is geregeld in de Omgevingswet.
In het natuurbeschermingsrecht wordt onderscheid gemaakt tussen soortenbescherming en gebiedsbescherming. Het soortenbeschermingsrecht regelt de bescherming van individuele planten- en diersoorten tegen bepaalde schadelijke handelingen, zoals het verstoren van broedende vogels. Het gebiedsbeschermingsrecht heeft betrekking op de bescherming van natuurgebieden, zoals Natura 2000-gebieden.
Bevoegd gezag
De provincies zijn bevoegd gezag voor zowel gebiedsbescherming, soortenbescherming als de bescherming van houtopstanden. In uitzonderingsgevallen is de minister van Landbouw Natuur en Voedselkwaliteit (LNV) of een andere minister bevoegd gezag. Deze uitzonderingsgevallen zijn opgenomen in het Omgevingsbesluit.
Het gaat bijvoorbeeld om activiteiten van nationaal belang en projecten in niet provinciaal ingedeelde gebieden, zoals de Noordzee. Voor de meeste Rijkswaterstaatprojecten is de minister van LNV bevoegd gezag.