De biodiversiteit in het IJsselmeer is sterk afgenomen.
Belangrijke leefgebieden voor vogels, vissen en andere flora en fauna ontbreken.
Er zijn te weinig planten, algen en bacteriën om voldoende biomassa (basis voor voedsel) te produceren voor de vogels en vissen en er is langs de strakke Afsluitdijk onvoldoende beschutting voor vissen.
Bij spuien (lozen van water door spuisluis) belandt zoetwatervis ongewild in zoutwater en sterft daar als hij niet snel terug kan naar het zoete IJsselmeer.
De zoetwatervoorraad te beschermen tegen verzilting, mede als gevolg van klimaatverandering.