Bedreigingen

Tegenwoordig zijn in het westelijke deel van de Waddenzee alleen langs de kust van Terschelling nog enkele kleine, maar betrekkelijk stabiele klein zeegrasveldjes aanwezig. In het oostelijke deel van de Waddenzee komt Groot zeegras voor op de Hond/Paap in de Eemsmonding bij Delfzijl. Langs de Groninger noordkust komt met name klein zeegras nog in velden voor. Groot zeegras is daar de laatste jaren zeer sterk afgenomen. 

Begin twintigste eeuw

Het voorkomen van zeegras op deze plaatsen is echter niets bij de zeegrasvelden die zo’n honderd jaar geleden nog te vinden waren in de Waddenzee. De eerste inventarisatie van zeegras stamt uit deze tijd. In 1896 besloeg groot zeegras zo’n 6000 hectare in de Waddenzee. In een schatting uit 1915 – 1916 wordt zelfs gesproken over 15.000 hectare. 

Wierziekte

Een allesverwoestende ‘wierziekte’ maakte een abrupt einde aan de groot zeegraspopulaties in de Waddenzee. In 1932 verdwenen de laaggelegen zeegrasvelden uit het hele Noord-Atlantische gebied en dus ook uit de Waddenzee. Hoewel het zeegras in de meeste gebieden weer is hersteld, is dit in de Nederlandse Waddenzee nooit goed gelukt. Waarschijnlijk komt dit door de verandering van het leefgebied na de afsluiting van de Zuiderzee. Hoewel het erop leek dat het zeegras zich in de getijdenzone van de Waddenzee aanvankelijk wel herstelde, ging de populatie in de jaren zeventig en tachtig toch weer achteruit. Deze achteruitgang weet men aan de vertroebeling en eutorfiëring van het water in de Waddenzee, waardoor de groeimogelijkheden van zeegras sterk afnamen. 

Zout en zoet

In het Zuidwestelijk deltagebied komt ook zeegras voor. Net als in de Waddenzee is de zeegraspopulatie in de afgelopen jaren hier flink achteruitgegaan. Zowel in het Grevelingen-estuarium als in de Oosterschelde kwam groot en klein zeegras in grote hoeveelheden voor. In de jaren negentig is de zeegraspopulatie in het Zuidwestelijk deltagebiedgebied flink afgenomen. In het Grevelingenmeer is het zeegras, groot en klein, zelfs helemaal verdwenen. Zowel in de Oosterschelde als in het Grevelingenmeer is de achteruitgang te wijten aan een te hoog zoutgehalte van het water. Ook kan in de Oosterschelde de concurrentie met wadpieren een rol hebben gespeeld. In het meest oostelijke deel van de Oosterschelde wordt de oorzaak van de achteruitgang juist gezocht in de verzoeting van het water, als gevolg van de afdamming door de Oosterscheldekering in 1984.